CT와 MRI는 기능적인 면에서는 비슷해 보이지만 MRI는 자석의 힘과 주파수를 이용하는 반면, CT는 X선과 컴퓨터를 이용한다는 면에서 차이가 있다. CT는 MRI에 비해 보편화된 검사로 MRI보다 비용이 비교적 저렴하고, 검사하는 동안 장운동, 호흡 등에 큰 영향을 받지 않으며, 암환자 등에서 암 분화 정도를 알아내기 위하여 초기 검사로 사용된다는 장점이 있다. MRI는 CT에 비해 조직 간 대조가 좀 더 분명하게 나타나고 가로로 자른 단면뿐만 아니라 원통형이나 원뿔형의 단면도 촬영할 수 있으며, 방사선 피해가 전혀 없고 조영제 없이도 혈관 등의 영상을 얻을 수 있다는 장점이 있다.

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