미국 Health 잡지가 뽑은 세계적인 건강식품 5가지 중 3가지가 발효식품이며, 김치(한국), 장류(일본) 그리고 요구르트(그리스)가 선정되어 국제적으로도 발효식품은 건강식품으로 인식되고 있다. 우리나라에서는 발효기술을 이용해, 건강에도 유익하고 식품의 맛과 저장성을 향상시킬 수 있는 김치와 된장 등의 전통 발효식품을 즐겨먹고 있다. 발효미생물로는 식용이 가능한 세균, 곰팡이, 효모 등 다양한 발효 미생물이 사용되는데, 대표적인 발효 미생물이 유산균이라고도 불리는 젖산균이며, 대표적인 발효식품으로는 요구르트와 같은 발효 유제품과, 김치, 된장과 같은 우리나라 전통식품을 들 수 있다. 유산균 및 발효식품은 유해균 억제 및 정장작용을 하여, 장내 유해균의 성장을 억제하고 배출하는 역할을 한다. 장관 내에는 다양한 종류의 장내 세균이 서식하면서 장내균총을 이루고 있는데, 유산균과 발효식품은 장내 유해균을 배출하거나 증식을 억제하여 장내 균총을 건강한 상태로 유지시켜 질병의 발생을 막아주는 역할을 한다. 또한, 면역기능을 높일 뿐 아니라, 암을 일으키는 발암물질의 생성을 억제하고, 효소의 활성을 조절함으로써 암을 예방하는 효과도 있다. 이외에도, 혈액 중 콜레스테롤의 농도를 감소시켜 동맥경화와 같은 심혈관계 질환을 예방할 뿐 만 아니라, 영양소의 소화와 흡수를 돕는 등 인체의 건강에 유익한 역할을 한다. 이러한 유산균의 우수한 건강기능성이 인정되면서, 건강기능성 식품으로 젖산균을 많이 증식시켜 캡슐이나 분말로 만들어 공급하는 프로바이오틱스 제품과 장내에서 젖산균이 잘 자랄 수 있도록 먹이를 공급하는 프리바이오틱스에 관한 관심이 높아지고 있다. 최근에는 프로바이오틱스와 프리바이오틱스를 동시에 섭취할 수 있는 신바이오틱스 제품을 개발하여 판매하고 있다. 앞으로는 장내균총을 분석함으로써 건강을 진단하고, 유산균과 발효식품을 활용하여 질병을 예방할 수 있는 과학적 접근이 가능할 것으로 여겨진다.